保护区是一个用来提升地块魅力和产出的特殊区域，它能让周围的自然环境变得更有价值，这个区域在市政树的远古时期部分，只要解锁了神秘主义市政后就可以落地了。保护区不像其他区域那样需要紧挨着城市中心，它可以建在领土内任何符合要求的地块上，唯一需要注意的就只是要远离城市中心即可。保护区最主要的功能是改变周边地块的魅力和提供住房，它本身会根据所在格子的魅力等级提供住房：如果格子是平均魅力就给1点住房，魅力达到迷人级别给2点，要是达到惊艳级别就能给3点住房。
同时保护区会把所有相邻地块的魅力值提升1点，注意这个效果可以叠加起来的，所以如果多个保护区靠得近的话就能创造出大片高魅力地块。另外保护区还会对相邻的无主地块丢文化炸弹，它的作用是可以把这些地块直接纳入自己的领土范围。往后保护区内部可以建造两种建筑，它们分别是古树林和避难所，这里的古树林同样是在神秘主义市政后就能出，它会让相邻的未改良地块根据魅力等级产生额外收益：要是地块魅力为迷人就提供1点食物和1点信仰，要是提升到惊艳级别，那么加成就变为2点食物、2点信仰和2点文化。
避难所则需要更后期的保护地球市政才能出，它提供的加成比较偏向于科技和生产，效果是相邻的迷人格子能得到1点科技和1点金币，而惊艳格子则提供2点科技金币和生产。要充分发挥保护区的作用注意选址是非常关键的，自己应该尽量把保护区放在拥有自然奇观山脉或者树林密集的区域旁边，因为这些地方本身就有较高的基础魅力。山脉的固定魅力值为4点惊艳级别，而树林在研发了保护地球市政后可以通过种植来提升魅力。保护区对水地块没有效果，因为水地块是没有魅力值的，另外要避免在保护区周围修建会降低魅力的设施，比如矿山工业区或某些改良设施等等，相反可以多建一些能增加魅力的区域，像是圣地和剧院广场这些都很不错。
另外要注意前面也说过保护区的加成效果是可以往上叠的，如果两个保护区的古树林影响到同一个地块，那么这个地块就能获得双倍的加成。利用这个特性自己可以精心规划一波让多个保护区彼此靠近，以此可以形成一个强大的产出集群，特别是在一些本身就与高魅力地块有协同作用的文明中，比如美国印加还有毛利这些，保护区带来的效益就会更加明显一些。
